Pirmoji Liškiavos bažnyčia mena XVI a. pradžią. 1677 m. Liškiavos dvaro savininkas Vladas Jurgis Kosila savo turtus kartu su nauja medine bažnyčia dovanojo Seinų dominikonams. Dėl turtų domininkonai turėjo kovoti teismuose, nes dvarininko giminės visai nenorėjo su jais skirtis. XVIII a. domininkonai pastatė vienuolyną ir mūrinę vėlyvojo baroko stiliaus bažnyčią, kurią matome ir dabar. Tiesa, 1808 m. ją uždegė žaibas. Bažnyčia nuo seno garsėja viename iš šoninių altorių esančiu stebuklingu dievo Motinos paveikslu.

Neogotikinio stiliaus Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės bažnyčią, pastatytą 1931 m., buvo pamėgęs Lenkijos maršalka Jozefas Pilsudskis, joje dažnai lankydavosi kalbininkas Juozas Balčikonis, poetas ir prozininkas Vincas Mykolaitis-Putinas ir daugelis kitų žinomų Lietuvos visuomenės veikėjų. Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės bažnyčia – nepaprastai vertinga ir įspūdinga pažintinė architektūros ir kultūros vieta. Mažai kas žino, jog Druskininkų bažnyčioje saugoma labai reta šventojo Valentino relikvija.

Šią lietuviškojo gotikos stiliaus Šventojo Apaštalo Baltramiejaus bažnyčią dar 1650 m. įrengė didikas Kazimieras Leonas Sapiega. Tuo metu šie maldos namai buvo Merkinės filija – vadinamoji bažnyčia be parapijos. Maldos namai buvo pavadinti vieno iš dvylikos apaštalų, minimų Naujajame Testamente, vardu.

1676 m. Mykolas Pacas čia pastatė dar vieną bažnyčią, o 1762 m. šioje vietoje iškilo dar vieni maldos namai – mediniai. Deja nei šios, nei originalioji Šventojo Apaštalo Baltramiejaus mūsų dienų nesulaukė. Tiesa, 1910 m. kunigo Pranciškaus Bernoto rūpesčiu ir parapijiečių bei geradarių aukomis Šventojo Apaštalo Baltramiejaus bažnyčia buvo atstatyta, prikelta antram gyvenimui ir atverta tikinčiųjų bendruomenei.